La tercera temporada consta de 13 episodios y es la continuación del final de la segunda temporada, donde la mayor parte de los personajes principales terminan en Panamá. Lincoln es exonerado de sus presuntos crímenes, mientras Michael es encarcelado por cargos de homicidio en la Penitenciaría Federal de Sona, junto con Mahone, T-Bag y Bellick. Michael se ve obligado a escapar de prisión nuevamente, coaccionado por La Compañía para que se fugue y entregue a James Whistler, a cambio de la liberación de LJ y Sara.