La quinta temporada comenzó en Estados Unidos el 21 de enero de 2009. Consta de diecisiete episodios. Serán usadas dos líneas temporales a la hora de narrar los acontecimientos. Por un lado, se van notando las consecuencias de que Ben mueva la isla: la isla se empezará a desplazar a lo largo del tiempo de una manera descontrolada, afectando a personajes como Sawyer, Juliet, Miles, Faraday o Charlotte. Por otro lado, en septiembre del 2007, Jack y Ben empiezan a trabajar juntos para reunir a Sayid, Hurley, Kate y Sun y llevarlos de vuelta a la isla.